Das reformierte Pfarramt beider Basel an der Universität wird von den reformierten Kirchen Basel-Land und Basel-Stadt getragen und finanziert. Verschiedene universitäre und kirchliche Stiftungen finanzieren Projekte des Unipfarramts mit.  

Ein Teil der Veranstaltungen des Universitätspfarramtes werden in Zusammenarbeit mit universitären Institutionen (insbesondere der Theologischen und der Medizinischen Fakultät) und anderen kirchlichen Institutionen v.a. der Katholischen Universitätsgemeinde durchgeführt. Das Unipfarramt sucht die Kooperation mit studentischen Vereinigungen (Amnesty Students, Muslimische Studierendenvereinigung Basel etc.) und anderen Institutionen der Stadt Basel.